Aunque ya había centros ceremoniales en la Cuenca de México hace 4500 años, la primera gran ciudad del altiplano mexicano fue Cuicuilco, parte del cual se ubicaba en el actual terreno del bosque de Tlalpan, donde se conservan restos arqueológicos de basamentos, acueductos y diques. Cuicuilco fue casi totalmente destruida por las erupciones masivas del volcán Xitle y la zona permaneció casi despoblada durante siglos. Sólo durante el Posclásico tardío, durante el dominio mexica, se volvió a poblar como pequeña aldea, con caseríos aislados.
Los restos arqueológicos actuales en el Bosque de Tlalpan se denominaron Cuicuilco C y se ubican en el montículo llamado Tenantongo, en el corazón del bosque. Allí, en un estado avanzado de destrucción por la actividad volcánica y fluvial, se identificaron restos de basamentos, acueductos, diques y un depósito de agua.
En 1528,
Hernán Cortés recibió de
Carlos V el Marquesado del Valle, su premio en propiedades que iban desde
Cuernavacahasta
Coyoacán e incluían el actual Bosque de Tlalpan. En 1543,
Bernal Díaz del Castillo, el célebre conquistador y cronista, estableció la famosa Hacienda de Peña Pobre, que incluía Coyoacán y también el cerro de Zacayuca. Seguirían 300 años de vaivenes para la propiedad de Peña Pobre, que cambió constantemente de manos por sucesión o compraventa y fue muy codiciada por presbíteros, marqueses y otros nobles criollos.
En 1845, Faustina Fagoaga vendió la propiedad por 23,500 pesos a Guillermo Benfield, quien fundó una fábrica de papel. La fabricación de papel se convertiría en la característica determinante de la región durante los siguientes 120 años. En la segunda mitad del siglo XIX la fábrica de papel Peña Pobre se consolidó como una de las más importantes en el país. Hacia el final de ese periodo, en 1890, llegó a México un inmigrante alemán que quizás es la figura más importante en la historia del Bosque de Tlalpan: Alberto Lenz. Lenz tenía experiencia en la industria del papel en Alemania y Suiza, adquirió la fábrica de papel Loreto en 1905 y en 1924 la fusionó con la fábrica de Peña Pobre (localizada en el predio Zacayuca-Pedregal de Tlalpan) para formar Fábricas de Papel Loreto y Peña Pobre, que se convertiría en la primera planta de celulosa de América Latina.
A lo largo de la primera mitad del siglo XX, Alberto Lenz reforestó varias zonas al sur de la Ciudad de México, como parte del
Desierto de los Leones y La Venta. También, ayudado por su hijo Walter, forestó el Bosque de Tlalpan, en particular el cerro de Zacayuca, con cientos de miles de árboles de diferentes especies, lo que ayudó a contrarrestar los frecuentes incendios y la erosión de la tierra. La roca volcánica conocida en México como
tepetate y la escasez de una cubierta orgánica hicieron necesario buscar las especies más indicadas. Se plantaron mimosas y eucaliptos para fijar el suelo y aumentar la humedad, se plantaron pinos, cedros y oyameles para la fabricación de la celulosa que se convertiría en papel. El modelo empleado por Lenz fue que por cada árbol talado se replantaran diez.
En 1968, el
Gobierno del Distrito Federal adquirió el terreno actual del Bosque de Tlalpan para establecer un parque zoológico, que permanecería abierto al público hasta 1988. Mientras tanto, la Ciudad de México había crecido alrededor de la Fábrica de Peña Pobre y la presión de grupos ambientalistas provocó que la fábrica de papel fuera cerrada el 17 de marzo de 1987. El Bosque de Tlalpan fue declarado Área Natural Protegida con rango de Parque Urbano por un decreto federal firmado en enero de 1997
